Ngày 20/8/1963, chính phủ huy động cảnh sát, quân đội và lực lượng đặc biệt đồng loạt tấn công các chùa trung tâm tại Sài Gòn và Huế là các chùa Ấn Quang, Xá Lợi, Từ Đàm, Diệu Đế, Linh Quang cùng các chùa lớn làm căn cứ cho cuộc tranh đấu của Phật giáo trên cả nước, bắn nát mặt tượng Phật, bắt giam 1.400 nhà sư cùng các lãnh đạo Tổng hội Phật giáo Việt Nam và Uỷ ban Liên phái, dùng dây thép gai vây quanh các chùa không cho Phật tử ra vào.[60]

Ở chùa Xá Lợi ngày 21/8/1963, hai vị lãnh đạo Tổng Hội Phật giáo Việt Nam là Hòa thượng Thích Tịnh Khiết và Thượng tọa Thích Tâm Châu bị bắt.[61] Ngay sau khi bị bắt, lãnh đạo Tổng Hội Phật giáo Việt Nam hòa thượng Tịnh Khiết được thả về chùa Ấn Quang. Tất cả các những người phụ tá cho ông vẫn bị giam giữ.[62]

Tất cả thành viên Ban Chấp hành Đoàn Sinh viên Phật tử Sài Gòn và Huế bị bắt tại nhà riêng. Nhiều trí thức, sinh viên ủng hộ cuộc đấu tranh của Phật giáo cũng bị bắt.[63]

Sáng 21/8/1963 lệnh thiết quân luật được ban bố ở các thành phố lớn của miền Nam Việt Nam. Xe phóng thanh của chính quyền loan tin "chính phủ đã diệt xong bọn phản động". Chính quyền rải truyền đơn và hiệu triệu khắp nơi.[64]

Sau khi trấn áp Phật giáo, chính quyền hỗ trợ thành lập Ủy ban Liên Hiệp Phật giáo Thuần Túy do hòa thượng Nhật Minh đứng đầu với mục đích tạo ra hình ảnh Phật giáo không chống đối chính quyền.[65]

Ngày 22/8/1963, thống chế Sarit Thanarat, thủ tướng Thái Lan, đề nghị triệu tập một hội nghị sơ bộ gồm các nước Phật giáo trước lúc đưa vấn đề Phật giáo Việt Nam ra Liên Hiệp Quốc. Bốn ngày sau đó Đại tá Mutukhan, Phó giám đốc nha Tôn giáo thuộc bộ Giáo dục, đã khuyến cáo chính phủ Ngô Đình Diệm bằng những lời gay gắt và như một tiên tri: